Rafinha chơi cho Tây Ban Nha ở cấp độ trẻ cho ba đội khác nhau. Vào ngày 29 tháng 2 năm 2012, anh đã ghi bàn trong những phút đầu tiên của chiến thắng 2-1 tại trận giao hữu với Pháp ở Meaux.

Cuối năm đó Rafinha đã quyết định chơi cho tuyển Brazil, tiếp tục đại diện cho đội U-20 tại Giải U-23 vô địch Nam Mỹ ở Argentina.

Vào tháng 9 năm 2015, Rafinha đã được gọi lên đội tuyển quốc gia bởi huấn luyện viên Dunga cho trận giao hữu với Costa Rica và Mỹ.